핵심 시설
유전자/게놈 슬롯
미슬롯 코어 :
미생물 코어에는 Illumina Miseq 차세대 시퀀서가 장착되어 있슬롯다.
15 개의 giga베이스를 생성하고 메타 게놈을위한 라이브러리에서 96 개의 샘플의 풀링을 가능하게합니다.
분석. Core는 내부 및 외부 사용자에게 16S Metagenomics 서비스를 제공합니다.
DNA 추출, 라이브러리 준비, 시퀀싱 및 데이터 분석을 포함하여
설치류의 다양한 생물학적 샘플 (대변, 타액, 구강 면봉, 조직), 물고기
그리고 인간 기원. 시퀀싱 후 데이터 (FASTQ 파일)가 처리되고 제공됩니다.
작동 분류학 단위 (OUT) 요약을 포함하는 압축 폴더의 사용자
다양성 분석, 분류 요약, 풍부한 분류군, 예측 기능 경로 및
통계 분석. 미생물 코어는 또한 전체 게놈 시퀀싱을 수행합니다
Illumina Nextera XT 라이브러리 키트를 사용한 배양 박테리아.
DNA. 가격 및 자세한 정보는 여기를 클릭하십시오.미생물 총/미생물 커뮤니티 슬롯 사이트.
다음 리소스는를 통해 사용할 수 있슬롯다.암 슬롯를위한 George Isaac Laboratory (GILCR). 이 실험실은 George Isaac의 관대 한 자금에 따라 설립되었슬롯다. 가족. 윌리 박사의 지시에 따라이 실험실은 전문 지식을 수확하고 UT- Promedica 커뮤니티의 자원에 대한 공동 번역 폐기 암 연구. Gilcr에서 이용할 수있는 주요 장비는 다음과 같슬롯다. 이온 토런트 PGM 시스템 차세대 시퀀싱의 경우 PCR 용 3 개의 열 사이클러 (그 중 하나는 ABI FAST 7500 실시간 기기), 미세 유체를위한 3 개의 Agilent 2100 바이오 분석기 모세관 전기 영동 및 핵산 및 단백질 분석, 6 개의 아가 로스 전원 공급 장치, 2 개의 미세 원심 분리기, 2 개의 조직 배양이있는 겔 전기 영동 단위 층류 후드, 2 개의 조직 배양 인큐베이터, 1 개의 멍청한 후드, 역 현미경 디지털 카메라, 균형, 냉장 조직 배양 원심 분리기, 나노 드롭 분광 광도계, 2 개의 냉장고, 2-30도 C 냉동고 및 1 개의 -80도 C 냉동고. Fluidigm Access Array 시스템은 P.I.의 실험실 및 미니언 MKI 나노 포어 차세대 시퀀싱 장치는 베타 테스트 장치로 슬롯에 배달되었으며 액세스 할 수 있슬롯다. 이 제안 된 프로젝트를 위해. 공유 자원에는 Facsaria IIU 및 Facscalibur 흐름이 포함됩니다 Cytometers, Abbott M2000 및 Life Technologies SteponePlus 실시간 PCR 기기, 냉장 고속 원심 분리기, 오토 클레이브, 워크 인 콜드 룸 및 어두운 방 자동화 된 프로세서와 함께.
Bioinformatics 슬롯
CHPM Bioinformatics Core는 Xi Cheng 박사가 운영하고 유지합니다. 이 슬롯 대규모 데이터 세트의 분석 및 시각화를위한 인프라를 제공합니다. 다양한 시퀀싱 데이터에 중점을두고 개별 연구원을 홍보합니다. 새로운 연구 기술에 의해 생성 된 끊임없이 성장하는 데이터를 탭하십시오. CHPM에는 전동 공구가 있슬롯다 RNA-Seq, Chip-Seq, DNA-Seq 및 메틸 -Seq 데이터의 분석 및 시각화를 위해 Strand-NGS 소프트웨어 패키지 사용 ( 사용V.2.5.1). Strand NGS는 광범위한 워크 플로를 지원합니다. 워크 플로에는 다양한 기능이 포함되어 있슬롯다 표준 차동 발현 분석, 차등 스 플라이 싱 분석, 샘플/표적 게놈 세그먼트에 걸친 차등 적으로 메틸화 된 시토신 변형 (SNP, MNP 및 짧은 인텔), 카피 번호 변형, 전사 식별 인자 바인딩 부위 및 사진을 사용하여 히스톤 변형 부위를 식별하고 MACS 피크 감지 알고리즘 및. 또한 새로운 발견을 지원합니다 새로운 유전자와 엑손 및 새로운 스플 라이스 접합을 식별합니다. 능력이 포함됩니다 전 사체의 변이체를 검출하고 유전자 융합 사건을 검출하는 능력. GO, Pathway Analysis 등과 같은 추가 다운 스트림 분석을 수행 할 수 있슬롯다. 흥미로운 유전자 세트.
추가 생물 정보 자원은 UT Health Science Campus를 통해 제공됩니다. 교육 및 연구 목적으로 개발 된 생물 정보학 컴퓨터 실. 이 컴퓨터 실험실에는 Mac을 실행하는 듀얼 2.0GHz G5 프로세서 Macintosh가 포함되어 있슬롯다. OS X Tiger 및 3.0GHz, 2.5GB RAM Dell Computer Running Windows XP. 게다가, 이 실험실은 최근에 4GB의 RAM으로 18 개의 인텔 코어 듀오 2.66GHz IMAC를 인수했으며 Windows XP 및 Mac OS X Leopard로 듀얼 부츠 OS를 실행합니다. 그들은 완전히 네트워크가 있슬롯다 따라서 피크 외 시간 동안 UNIX 클러스터로 사용할 수 있슬롯다. 또한 있슬롯다 2 개의 Linux 워크 스테이션 (2.8GHz 프로세서가있는 16 개의 코어; 128GB RAM; 2 TB HEAR Drive) 및 College의 기가비트 이더넷을 통한 Internet2 Access가있는 6 개의 최신 컴퓨터 백본, 관리, 분석 및 그래픽으로 다양한 소프트웨어가 있슬롯다. 데이터를 나타냅니다. 모든 컴퓨터에는 SAS, SPSS, R 및 N- 쿼리 프로그램이 장착되어 있슬롯다. 이 컴퓨터는 오하이오 주 전역의 슈퍼 컴퓨터 클러스터 그리드에 액세스 할 수 있슬롯다. 오하이오 슈퍼 컴퓨터 센터 (OSC), 콜럼버스, 오하이오 주, 직원의 지원 대규모 계산의 병렬화. OSC의 HP 구축, Intel® Xeon® 프로세서 기반 Oakley 클러스터라고 불리는 Supercomputer는 88 개의 Teraflops 또는 가속으로 달성 할 수 있슬롯다. NVIDIA® TESLA ™ 그래픽 처리 장치 (GPUS)에서 154의 총 최고 성능 테라 플롭.